יתכן מצב הפוך, שיניים קטנות ביחס למבנה הלסת ואז נקבל מרווחים בין השיניים.
גם גורמים תורשתיים מקומיים יכולים להיות מקור לליקוי סגר. באחוז מסויים מהאוכלוסיה יש חוסר של שן קבועה אחת או יותר (בד"כ כל שיני החלב קיימות אך השן הקבועה שאמורה להחליף את שן החלב חסרה). חוסר שן קבועה יגרום לליקוי סגר.
כליאה של שן, כלומר מצב בו השן לא בוקעת לחלל הפה, היא מצב שיש לו רקע תורשתי. כלומר, אם לאחד ההורים הייתה שן כלואה הסיכוי שלילד תהיה שן כלואה הוא גדול יותר. הגורמים הנפוצים לשיניים כלואות הם כיוון בקיעה לקוי או צפיפות קשה שלא מאפשרת בקיעה.
